神话时代，宙斯之子亚伯妄想统治大地，他自称“太阳神”，张扬跋扈不可一世，最终遭到宙斯和阿波罗的抹杀。数千年后，亚伯复活，假上天之名欲淹没人类文明，重建众神世界。他邀请雅典娜和其共同统领世界，并用神力复活战死的黄金圣斗士。假意合作的雅典娜试图暗杀亚伯，反被其所害。星矢、紫龙、冰河等人来至太阳神殿，遭遇日晷战士和黄金圣斗士的伏击，少年战士伤痕累累，筋疲力尽，但只要雅典娜还有一点活转的希望，他们便决不放...

一颗流星划过东京夜空，随它一同到来的还有希腊神话传说中的黄金苹果。善良的孤儿院女老师绘梨衣与孩子们过着平静的生活，但是她受到黄金苹果的召唤，化身为纠纷女神艾莉丝。为了实现毁灭世界的目的，她绑架了女神雅典娜，并用金苹果将其捆住。随同纠纷女神一同复活的还有矢座魔矢、竖琴座奥菲斯、南十字星古拉特、神盾座阿恩、奥利安座渣加等五位亡灵圣斗士。正享受和平生活的星矢、紫龙、瞬和冰河收到艾莉丝送来的挑战书，他们重...

经过一番艰苦鏖战，救世主战部渡（瓦塔诺）终于和伙伴们打败了多古达及其暗黑军团，创界山（左开山）再次回复原本的秀美景色。在此之后，渡回到人类世界，和朋友们过着快乐的生活。然而好景不长，多古达的弟弟多坏达入侵与创界山息息相关的南斗七星星界山，七色彩虹失去色彩，黑暗重新笼罩大地。在这危急时刻，创界山的人民重新找回渡，请求他打败多坏达军团。渡从圣龙殿女王那里得到许多有用的道具，随后和龙神丸、忍部火美子（希...