時は明治十一年。急速な欧米化に伴い、政府に不満を持つ人々が増え、監獄は囚人で埋まり、脱獄も後を絶たなかった。そこで政府は、滋賀県琵琶湖に重犯罪者専用の檻、日本最大・脱出不可能な湖の監獄、獄門処を設ける。その監獄への橋渡し人を請け負う曇家の三兄弟が織り成す大冒険活劇の幕が上がる……！...

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝...