Muv-LuvATE全名为《Muv-LuvAlternativeTotaleclipse》，全集动画片改编自《Muv-LuvAlternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事...

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位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level0”到“超能力Level5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手ImagineBreaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。而上...

“强殖装甲”是数万年以前降临地球的外星人留下的超生体兵器，平凡的高中生深町晶偶然间得到卡巴，他的同校学长卷岛颚人则得到了另一套。因此成为了秘密组织克诺斯狙击的对象。此后，二人将要面对神秘组织克诺斯所派出兽化兵的追杀。渐渐的，关系到人类起源与未来的秘密变得清晰起来……...